XML内に文字列として記述するときや、ブログにコードを書くときなど、 ![CDATA[〜ではじまるブロックを書いちゃうと、そのまま実行されてしまう。 そんなときは閉じタグのところにある]>の>を＆gtでエスケープすればOK。

毎度swfを生成して、app-xmlにコンテンツ指定していたけど、 <initialWindow> <content>[SWF reference is generated]</content> と書くと、mxmlのままでも大丈夫っぽい。 要確認。</initialwindow>